Cy3-UTP可以取代UTP作为T7 RNA聚合酶的底物，通过体外转录产生标记的探针。在Cy3-UTPs的参与下，生成的组装mRNA将发出橙色的荧光。此外，Cy3标记的mRNA在紫外光下很容易看到，无需在凝胶电泳后进一步染色。由这些方法产生的探针适合于多色荧光分析，特别是与Cy3-UTP（Cyanine 3-UTP）结合的双色表达阵列。

Cy3-UTP(Cyanine 3UTP) can replace UTP as a substrate for T7 RNA polymerase and generate labeled probes through in vitro transcription. The resulting assembled mRNA will emit orange fluorescence with the involvement of Cy3-UTP. In addition, Cy3labeled mRNA is readily visible under ultraviolet light without further staining after gel electrophoresis.Probes generated by these methods are suitable for multicolor fluorescence analysis, specifically dual-color expression arrays in conjunction with cyanine3-UTP .

通过PCR和Nick Translation对DNA/cDNA进行直接酶促标记,Cy3-dCTP可用于通过Taq聚合酶进行PCR，通过DNAse I / DNA聚合酶I进行Nick Translation，cDNA标记和3'末端标记直接酶标记DNA/cDNA。Cy3-dCTP可替代反应中的CTP，作为T4和Taq DNA聚合酶、大肠杆菌DNA聚合酶（全酶和Klenow片段）、逆转录酶（来自AMV和M-MuLV）和末端转移酶的底物。合成的染料标记的DNA/cDNA探针可用于通过原位杂交，微阵列或印迹技术鉴定特定序列。 Cy3-dCTP也可用于多色荧光标记。与尿苷的C5位连接的优化接头确保了优化的底物特性和标记效率。 推荐用于PCR和Nick Translation的Cy3-dCTP/dCTP比率：30-50％Cy3-dCTP/50％dCTP。