Dihydrorhodamine 123 是一种荧光探针 (λex=488 nm，λem=525 nm)。

Pentafluorobenzenesulfonyl fluorescein 是一种 H₂O₂ 选择性传感器，可用于检测细胞中的 H₂O₂ 水平。Pentafluorobenzenesulfonyl fluorescein 通常不发荧光，但在磺酰基键被 H₂O₂ 过水解时会发荧光。                                                                                                                      

Calcein-AM 是用于测定细胞活力的可以渗透细胞的荧光染料。

SynaptoRedTM C2 是一种膜选择性红色荧光染料，属于苯乙烯基吡啶染料FM家族。SynaptoRedTM C2 被广泛用于研究活体动物的内吞和外吞、囊泡运输和细胞器组织。

Fura-2 AM 是一种高亲和力，细胞内，紫外光激发和 UV 比率荧光 Ca²⁺ 指示剂。

Peroxy Orange 1 用于成像过氧化氢（H2O2）的荧光探针。

K114 一种刚果红染料类似物，与淀粉样纤维紧密结合，其 EC50 值为 20-30 nM。

MitoPY1 可用于在活细胞的线粒体中成像过氧化氢（H2O2）的荧光探针。

Hoechst 33258 trihydrochloride 是一种荧光染料，用于 DNA 染色。

Methoxy-X04 是一种荧光染料，可以穿过血脑屏障，选择性地结合在致密中心淀粉样蛋白Aβ斑块中的β-折叠层。

Coelenterazine 广泛分布在海洋生物体中，是 apoaequorin 和 Renilla 荧光素酶的发光酶底物。Renilla 荧光素酶和底物 coelenterazine 被用作生物发光共振能量转移 (BRET) 中检测蛋白质-蛋白质相互作用的生物发光供体。Coelenterazine 是一种超氧阴离子敏感化学发光探针，其也用于过氧亚硝酸盐的化学发光检测 。